B
分析：分子與原子的根本區(qū)別是：在化學變化中分子可分成原子，而原子不可分．聯(lián)系是：分子一定由原子構成，分子和原子都能構成物質．原子得到或失去電子可以變成離子，原子是由原子核和核外電子構成的，原子核是由質子和中子構成的．
解答：A、分子一定由原子構成，正確但不符合題意．故選項錯誤；
B、分子與原子的根本區(qū)別是：在化學變化中分子可分成原子，而原子不可分，符合題意．故選項正確；
C、原子失去電子形成陽離子，得到電子形成陰離子，正確但不符合題意．故選項錯誤；
D、原子是由原子核和核外電子構成的，原子核是由質子和中子構成的，正確但不符合題意．故選項錯誤；
故選B
點評：本考點既考查了分子和原子的區(qū)別和聯(lián)系，又考查了原子的構成和原子與離子的相互轉化．物質的微觀構成屬于理論知識的范疇，一直是中考的一個重點，也是一個難點，一定要加強記憶，理解應用．
